Η νησίδα του Αγίου Αχιλλείου βρίσκεται στο βορειοδυτικό τμήμα της Μικρής Πρέσπας σε αβαθή και ελώδη θέση της λίμνης. Η νησίδα βρίσκεται, όπως και όλη η περιοχή της λίμνης, σε μεγάλο υψόμετρο που πλησιάζει τα 900 μέτρα, μεσοσταθμικά. Στο νότιο τμήμα υπάρχει κορυφή που φθάνει τα 925 μέτρα, το υψηλότερο σημείο της νησίδας. Συνδέεται με πλωτή γέφυρα μήκους 650 μ. ενώνοντας τον Άγιο Αχίλλειο με την απέναντι όχθη. Μαζί με το νησί Ιωαννίνων, είναι το δεύτερο κατοικημένο νησί σε λίμνη της Ελλάδος.
Η βασιλική του Αγίου Αχιλλείου είναι ερειπωμένος χριστιανικός ναός του 10ου-11ου αιώνα αιώνα, ο οποίος βρίσκεται στο νησί του Αγίου Αχιλλείου, στη λίμνη Μικρή Πρέσπα. Οικοδομήθηκε στο σημείο όπου βρισκόταν μεγαλύτερος παλαιοχριστιανικός ναός του 6ου αιώνα. Ο ναός λεηλατήθηκε και καταστράφηκε από τους Αλαμανούς περίπου το 1045 και τόσο οι πηγές όσο και η αρχαιολογική έρευνα δείχνουν ότι στη συνέχεια ανακαινίσθηκε από τον δραστήριο επίσκοπο Αχριδών Θεόφραστο που διοργάνωνε εκεί Επισκοπικές και Αρχιερατικές Συνόδους.
Άλλες λιγότερο γνωστές εκκλησίες είναι η Βασιλική των Δώδεκα Αποστόλων, η μονή Παναγίας Πορφύρας που διατηρεί στο καθολικό της τοιχογραφίες, η εκκλησία του Αγίου Δημητρίου και η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου.
